No se conoce la fecha de su fundación; basándose en la Relación de Misantla por Diego Porres de Arteaga, se considera que tal hecho tuvo lugar entre 1540 y 1545.

Esta región fue primitivamente poblada por inmigrantes llegados por mar y que desembocaron en Pánuco, para extenderse hasta Centroamérica. Ahí florecieron y en Papantla forjaron la cultura del Tajín o totonaca, de características propias y relevante. En 1542 es pintado el Códice Chiconquiaco que registra los acontecimientos históricos de las región de Misantla. En este año se fundó aquella población para concentrar y evangelizar a los nativos. El 25 de agosto de 1544, se fija la tributación que Misantla debía pagar en el pueblo de Xalapa.

El 20 de enero de 1564, día de San Sebastián se traslada la población de San Juan Misantla, por decisión de los franciscanos que evangelizaban la comarca, del paraje antiguo al nuevo, en la unión de los ríos Palohan y Misantla. Uno de los primeros evangelizadores de la comarca fué el Profr. Toribio de Benavente (Motolinía) y fray Buenaventura de Fuenlabrada, que radicó en el pueblo de Chapultepec. La nueva fundación fue llamada Santa María de la Asunción Misantla, aunque la primera iglesia construída se dedicó a San Sebastián, destruyéndola un incendio en 1565.

El Códice Misantla es compuesto en 1571. En 1579 el corregidor Diego Pérez de Arteaga redacta la Relación de Misantla, en el mismo año se inicia la construcción del templo parroquial. En 1610 se funda la congregación del pocito de Nacaquinia.

En 1791 se da posesión de las tierras que constituyen el fundo de Misantla. El subdelegado de Misantla, Francisco Andicoechea envía a Nautla en 1812, el archivo para salvarlo de los insurgentes que amagan la población.